Die Reine Stimmung (auch natürliche oder harmonische Stimmung) entstand mit dem Aufkommen der Mehrstimmigkeit. In den Akkordverbindungen werden die reinen Intervalle Oktave, Quinte und Terz benutzt. Sie erfordert für die Harmonie der Akkorde beim Übergang zu anderen Tonarten eine Flexibilität in der Anpassung der Tonhöhe, die nur Sänger oder vergleichbare Instrumente aufbringen können. Die Stimmung (Temperierung) für Tasteninstrumenten wandelte sich deshalb über die mitteltönigen Stimmungen und wohltemperierten Stimmungen zur gleichstufige Stimmung.
Die Reine Stimmung löste die pythagoreischen Stimmung ab, die die Oktave, Quinte und daraus folgend die Quarte verwenden.
Manchmal werden bei der reinen Stimmung auch Intervalle höherer Ordnung miteinbezogen, wie sie sich aus der Obertonreihe ergeben, beispielsweise die Naturseptime.