Nach dem Tod des Fürsten 1790 ging Haydn als unabhängiger Komponist (er bezog weiterhin eine feste Pension) nach Wien.
Er nahm ein Angebot des Konzertveranstalters Johann Peter Salomon an, 1791/92 nach London zu gehen. Drei Jahre später wiederholte er aufgrund der riesigen Erfolge das Unternehmen. In der Londoner Zeit entstanden u.a. die zwölf Londoner Sinfonien (Nr.93-104, darunter die Sinfonie mit dem Paukenschlag "The surprise" in der das Publikum mit einem plötzlichen Fortissimo-Akkord aufgeschreckt wird) und die sechs Streichquartette (Nr. 69-74) In Wien war Haydn zwischenzeitlich Lehrer des jungen Ludwig van Beethoven gewesen. 1795 wurde er wieder nach Esterhazy zurückberufen und schuf bis zu seinem Tode 1809 in Wien u.a. die Oratorien "Die Schöpfung" (1798) und "Die Jahreszeiten" (1801, nach Lyrik des Schotten James Thomson) sowie das Kaiserquartett, das später österreichische und deutsche Nationalhymne wurde.